Jon Heder nació el 26/10/1977 en Estados Unidos.
Heder creció en Salem, Oregón, en el seno de una familia de seis hijos y recientemente se trasladó a vivir a Los Ángeles con su mujer. Graduado por la Universidad Brigham Young con una licenciatura en Animación en 3-D, Heder comenzó su carrera universitaria en el programa de Estudios Cinematográficos. Allí también actuó en varias producciones estudiantiles e interpretó el papel principal en el premiado cortometraje Peluca, escrito y dirigido por Jared Hess, director de Napoleon Dynamite.
Quizá el papel más conocido de este actor es su elogiada interpretación del protagonista de Napoleon Dynamite, el éxito del cine independiente de 2004. En dicha película Heder interpretaba a un enajenado adolescente que ayuda a su nuevo amigo a ganar las elecciones a delegado en el instituto de una pequeña localidad al tiempo que trata con su estrafalaria familia. Napoleon Dynamite se estrenó en el Festival de Cine de Sundance de 2004 y obtuvo una candidatura al Gran Premio del Jurado. Tras una importante guerra de ofertas, Fox Searchlight y MTV Films se asociaron para distribuir la película, que recaudó más de 40 millones de dólares a nivel nacional, se convirtió en uno de los DVD más vendidos y en un fenómeno de la cultura popular.
Posteriormente Heder ha protagonizado "Ojalá fuera cierto", con Reese Witherspoon y Mark Ruffalo, y "School for Scoundrels", junto a Billy Bob Thornton, para el director Todd Phillips.